Nella finestra Preferenze di Nero SoundTrax è possibile specificare impostazioni di output e di salvataggio e opzioni di visualizzazione e dei plug-in. È inoltre possibile specificare impostazioni generali quali il formato di esportazione e la cartella in cui salvare i file musicali.
È possibile visualizzare questa finestra selezionando Opzioni > Preferenze sulla barra dei menu.